from tkinter import *
import tkinter.messagebox as box
window = Tk() # Конструктор для создания объекта окна
window.title('Пример с чекбоксами')
frame = Frame(window)
#IntVar() - Целочисленная переменная-объект, где будет храниться
#результат выбора
var_1 = IntVar()
var_2 = IntVar()
var_3 = IntVar()
#onvalue - Значение  для присваивания, в  случае если флажок установлен
#пользователем
#offvalue - Значение для присваивания, в случае если флажок пользователем не
#установлен (сброшен)
book_1 = Checkbutton(frame, text = 'HTML5', \
variable = var_1, onvalue = 1, offvalue = 0)
book_2 = Checkbutton(frame, text = 'CSS3', \
variable = var_2, onvalue = 1, offvalue = 0)
book_3 = Checkbutton(frame, text = 'JS', \
variable = var_3, onvalue = 1, offvalue = 0)
def dialog():
    str = 'Ваш выбор:'
    if var_1.get() == 1: str += '\nHTML5'
    if var_2.get() == 1: str += '\nCSS3'
    if var_3.get() == 1: str += '\nJavaScript'
    box.showinfo('Результат', str)
btn = Button(frame, text = 'Выбрать', command = dialog)
btn.pack(side = RIGHT, padx = 5)
book_1.pack(side = LEFT)
book_2.pack(side = LEFT)
book_3.pack(side = LEFT)
frame.pack(padx = 30, pady = 30)
window.mainloop()

Объект Checkbutton содержит методы select() и deselect(), которые могут использоваться для переключения состояния флажка, например check_1.select().

Состояние объекта Checkbutton можно поменять на противоположное, используя метод объекта toggle().